Die AGDF ist als eingetragener, gemeinnütziger Verein organisiert. Sie hat ordentliche, assoziierte und fördernde Mitglieder. Ordentliche Mitglieder können nur juristische Personen sein. Zumeist sind es christliche Friedensorganisationen, in der Regel Vereine. Als assoziierte Mitglieder beteiligen sich (Landes-)Kirchen über ihre Arbeitsstellen an den Aktivitäten der AGDF. Derzeit hat die AGDF 31 Mitglieder.
Der von der Mitgliederversammlung gewählte Vorstand ist für die Politik der AGDF verantwortlich. Die Geschäftsstelle vertritt die friedenspolitischen Anliegen in Netzwerken und Gremien, informiert die Öffentlichkeit, koordiniert die Arbeit der Gremien und unterstützt die Mitglieder durch Dienstleistungen. 2009 wurden die Geschäftsstellen der AGDF und der Ev. Arbeitsgemeinschaft für Kriegsdienstverweigerung und Frieden (EAK) zusammengelegt. Die gemeinsame Geschäfts stelle unterstützt mit insgesamt knapp 20 Mitarbeitenden die Arbeit der AGDF, der EAK sowie des EKD-Friedensbeauftragten und führt auch Drittmittelfinanzierte Projekte durch. 2010 wurde zusammen mit der Ev. Kirche in Deutschland (EKD) der Verein für Friedensarbeit im Raum der EKD gegründet. Dieser unterstützt auch die AGDF und erhält dafür einen Zuschuss der EKD. Die inhaltliche Arbeit des Gesamtverbandes und der Mitgliedsorganisationen wird gefördert durch Kollektengelder, weitere Mittel der EKD und andere öffentliche und private Finanzierungsquellen.
Die AGDF fördert eine Politik der Friedenslogik: in der aktiven Überwindung von Gewalt, Not und Unrecht wird Frieden möglich. Frieden ist ein dynamischer Prozess, in dem sich Gewaltfreiheit durchsetzt und Gerechtigkeit wächst. Dieses Verständnis ist aufgenommen in dem ökumenischen Leitbild des gerechten Friedens und in dem in einigen Landeskirchen und der EKD aufgenommenen Prozess „Kirche des gerechten Friedens werden“. Die AGDF unterstützt und fördert diese Entwicklung vor allem, indem sie zur Teilnahme an der sozialen Praxis des Friedens und der Versöhnung einlädt und deren Kraftquellen sichtbar macht. Die Orientierung an der Gewaltfreiheit, an der Feindesliebe, am Wohl der Mitwelt erschließt sich aus biblischen Texten und bezieht sich insbesondere auf das Zeugnis Jesu Christi. Es erweist sich als inspirierende, tragende Kraft für die konkrete Arbeit wie für die individuelle Haltung. Diese christliche Spiritualität trägt vielfältiges politisches Engagement, und sie sucht den Dialog mit denen, die andere Praktiken des Glaubens und der ethischen Vergewisserung leben.
